Banyak tuduhan ditujukan kepada Tuhan Perjanjian Lama sebagai kejam, yang memerintahkan bangsa-Nya untuk membasmi bangsa-bangsa lain alias genosida. Dalam sejarah kekristenan dikenal ?peperangan kudus? yang berlangsung selama beberapa abad, antara pasukan ?kristen? yang berpusat di Eropa melawan pasukan ?Islam? dari bangsa-bangsa Arab. Ini sebenarnya sejarah kelam kekristenan yang menafsir keliru peperangan kudus di Perjanjian Lama.
Perintah Allah kepada Israel untuk membasmi bangsa-bangsa lain terbatas hanya untuk bangsa-bangsa di Kanaan. Pertama, bangsa-bangsa ini berada dalam penghukuman Tuhan karena dosa-dosa mereka yang sangat menjijikkan. Antara lain, dosa pelacuran bakti, yaitu ritual seks di kuil-kuil dewa-dewa mereka, dan juga persembahan kurban bakaran berupa manusia.
Kedua, Tuhan memang hendak memberikan tanah Kanaan kepada Israel. Tanah yang sudah dinajiskan oleh perilaku dosa itu perlu dikuduskan! Maka tindakan Israel menyerbu dan menumpas penduduk itu adalah tindakan pengudusan sekaligus pencegahan untuk godaan meniru ?kekafiran? mereka.
Perintah Tuhan ini bukan untuk dijadikan pedoman bagi umat Tuhan masa kini untuk berperang atas nama Tuhan melawan bangsa-bangsa yang membenci kekristenan. Paulus mengajarkan peperangan lain, yaitu peperangan rohani. Musuh kita sesungguhnya bukan darah daging melainkan roh-roh jahat (Ef. 6:10-13).